Поиск безопасных иммунодоминантных пептидов SARS COV-2 in silico

Цыганков А.М., Янченко В.В.

Витебский государственный медицинский университет

Молекулы HLA функционируют для контроля постоянства внутренней среды организма. HLA I класса экспрессируются на поверхности всех ядросодержащих клеток и представляют пептиды всех белков, которые синтезируются в каждой конкретной клетке. При заражении клетки
вирусом пептиды его белков связываются с HLA I класса и информируют систему иммунитета о наличии вируса в этой клетке. В качестве актуального примера выбран вирус SARS COV-2. В данной публикации рассматривается алгоритм выбора иммунодоминантных пептидов вируса SARS COV-2, которые можно использовать для определения иммунореактивности организма, иммунопрофилактики и иммунотерапии. Проанализированы белки исходного штамма hCoV-19/Wuhan/WIV04/2019 (далее – WIV04), изолята MW674675.1. из Республики Беларусь (далее – MW674675.1.), штамма B.1.617.2 из Индии (далее – дельта или MZ314977.1.), и вызывающий беспокойство вариант B.1.1.529 (далее – омикрон или OL677199.1). С помощью различных программ на платформах открытого доступа был осуществлен поиск иммунодоминантых пептидов из протеома SARS COV-2: NCBI – GenBank, Protein; IEDB – MHC-I Processing Predictions, Population Coverage; GISAID – CoVsurver: Mutation Analysis of hCoV-19, UNIPROT – BLAST; ToxinPred. В результате поисковой работы были выбраны 27 иммунодоминантных пептидов – мишеней для цитотоксических Т-лимфоцитов посредством представления через HLA-А *02:01. Мы надеемся, что данная информация будет способствовать распространению и реализации идей, направленных на наиболее безопасную профилактику вирусных инфекций.
При прогнозировании in silico основ для пептидных вакцин можно скорейшим и эффективным образом подойти к практической составляющей, что приведет к персонализированной вакцинации людей как чрезвычайно эффективной мере.